Tietoa vedenalaisen luonnon monimuotoisuudesta, ekologisesta merkittävyydesta ja ympäristön tarjoamista ekosysteemipalveluita sekä laji- että elinympäristötasolla hyödynnetään ja huomioidaan kaupunkia suunnitellessa niin yleis- osayleis- ja asemakaavatasolla. Mahdollisuuksien mukaan pyritään palauttamaan menetettyjä luontoarvoja.
Metsähallituksen ja Suomen ympäristökeskuksen luontokartoitusten pohjalta on tunnistettu ja rajattu pääkaupunkiseudun merialueen paikallisesti ekologisesti merkittävät vedenalaiset meriluontoalueet (PEMMA). PEMMA-alueilla sijaitsevat pääkaupunkiseudun vedenalaisen meriluonnon eliöstöltään monimuotoisimmat ja ekologisesti tärkeimmät alueet, kuten esimerkiksi kalojen lisääntymisalueet ja uhanalaisten luontotyyppien esiintymisalueet. Arvokkaita kohteita saattaa esiintyä myös rajausten ulkopuolella.
Vedenalaisia luontoarvoja on tarkasteltu ja huomioitu erityisesti Vartiokylänlahden, Vartiosaaren, Lauttasaaren ja Salmisaaren alueiden suunnittelussa.